| line |
true |
false |
branch |
|
201
|
0 |
10 |
$handler ? : |
|
208
|
10 |
0 |
if (not defined $self->sequence_factory) |
|
234
|
1 |
2766 |
if $line =~ /^\s*$/ |
|
237
|
164 |
2602 |
if $ann eq 'XX' or $ann eq 'FH' |
|
238
|
2592 |
10 |
if ($ann) { } |
|
240
|
1752 |
840 |
if ($ann eq 'FT') { } |
|
242
|
193 |
1559 |
if ($data =~ /^(\S+)\s+([^\n]+)/) { } |
|
|
935 |
624 |
elsif ($data =~ m[^\s+/([^=]+)=?(.+)?]) { } |
|
243
|
193 |
0 |
if $seqdata |
|
251
|
32 |
117 |
ref $seqdata->{$qual} ? : |
|
|
149 |
786 |
exists $seqdata->{$qual} ? : |
|
256
|
298 |
1454 |
$FTQUAL_NO_QUOTE{$qual} ? : |
|
257
|
1601 |
151 |
if ($ct == 0) { } |
|
258
|
622 |
979 |
$seqdata->{$qual} ? : |
|
262
|
117 |
34 |
unless (ref $seqdata->{$qual}) |
|
267
|
2 |
149 |
exists $seqdata->{$qual}[$ct] ? : |
|
272
|
0 |
840 |
if $ann eq '//' |
|
273
|
454 |
386 |
if ($ann ne $lastann) |
|
274
|
141 |
313 |
if (not $SEC{$ann} and $seqdata) |
|
280
|
151 |
303 |
!$SEC{$ann} ? : |
|
281
|
151 |
303 |
unless $SEC{$ann} |
|
287
|
11 |
829 |
if $ann eq 'SQ' |
|
289
|
386 |
443 |
$seqdata->{$annkey} ? : |
|
297
|
9 |
2468 |
if (index($line, '//') == 0) { } |
|
311
|
1 |
9 |
if $seqdata |
|
321
|
0 |
0 |
if $line =~ /^\s*$/ |
|
326
|
0 |
0 |
if $ann =~ m[//] |
|
357
|
10 |
10 |
if ($handler) |
|
358
|
0 |
10 |
unless ref $handler and $handler->isa('Bio::HandlerBaseI') |