| line |
true |
false |
branch |
|
193
|
0 |
23 |
$handler ? : |
|
199
|
23 |
0 |
if (not defined $self->sequence_factory) |
|
231
|
3 |
4513 |
if $line =~ /^\s*$/ |
|
237
|
25 |
4488 |
if ($ann and $ann eq 'ORIGIN') |
|
240
|
25 |
3233 |
if index($line, '//') == 0 |
|
246
|
30 |
4483 |
if index($line, '//') == 0 |
|
248
|
1450 |
3063 |
if ($line =~ /^(\s{0,5})(\w+)\s+(.*)$/ox or $endrec) { } |
|
250
|
31 |
1419 |
unless ($seenlocus) |
|
251
|
0 |
31 |
if $ann ne 'LOCUS' |
|
258
|
945 |
505 |
$len == 0 || $len > 4 ? : |
|
263
|
914 |
536 |
if ($annkey eq 'DATA' and $seqdata) |
|
266
|
547 |
367 |
if ($seqdata->{'NAME'} eq 'FEATURES') |
|
284
|
30 |
884 |
if $endrec |
|
291
|
517 |
505 |
$len > 4 ? : |
|
|
398 |
1022 |
$len == 0 ? : |
|
292
|
547 |
873 |
if ($seqdata->{'NAME'} eq 'FEATURES') |
|
296
|
25 |
1395 |
if $ann eq 'ORIGIN' |
|
302
|
3136 |
1322 |
$seqdata && $seqdata->{'NAME'} eq 'FEATURES' ? : |
|
303
|
3062 |
1396 |
$seqdata->{$annkey} ? : |
|
318
|
0 |
0 |
if $line =~ /^\s*$/ |
|
323
|
0 |
0 |
if ($ann and $ann eq 'ORIGIN') |
|
326
|
0 |
0 |
if index($line, '//') == 0 |
|
332
|
0 |
0 |
if index($line, '//') == 0 |
|
334
|
0 |
0 |
if ($line =~ /^(\s{0,5})(\w+)\s+(.*)$/ox or $endrec) { } |
|
336
|
0 |
0 |
unless ($seenlocus) |
|
337
|
0 |
0 |
if $ann ne 'LOCUS' |
|
344
|
0 |
0 |
$len == 0 || $len > 4 ? : |
|
349
|
0 |
0 |
if ($annkey eq 'DATA' and $seqdata) |
|
352
|
0 |
0 |
if ($seqdata->{'NAME'} eq 'FEATURES') |
|
358
|
0 |
0 |
if $endrec |
|
365
|
0 |
0 |
$len > 4 ? : |
|
|
0 |
0 |
$len == 0 ? : |
|
366
|
0 |
0 |
if ($seqdata->{'NAME'} eq 'FEATURES') |
|
370
|
0 |
0 |
if $ann eq 'ORIGIN' |
|
375
|
0 |
0 |
$seqdata && $seqdata->{'NAME'} eq 'FEATURES' ? : |
|
376
|
0 |
0 |
$seqdata->{$annkey} ? : |
|
407
|
23 |
66 |
if ($handler) |
|
408
|
0 |
23 |
unless ref $handler and $handler->isa('Bio::HandlerBaseI') |
|
437
|
1724 |
1412 |
if ($qualdata =~ m[^/([^=]+)=?(.+)?]) |
|
441
|
98 |
69 |
ref $seqdata->{$qual} ? : |
|
|
167 |
1557 |
exists $seqdata->{$qual} ? : |
|
444
|
1016 |
2120 |
$qual eq 'translation' || exists $FTQUAL_NO_QUOTE{$qual} ? : |
|
447
|
2962 |
174 |
if ($ct == 0) { } |
|
449
|
858 |
2104 |
exists $seqdata->{$qual} ? : |
|
451
|
69 |
105 |
unless (ref $seqdata->{$qual}) |
|
455
|
7 |
167 |
exists $seqdata->{$qual}[$ct] ? : |