File Coverage

lib/App/SimulateReads/Command/QualityDB/Restore.pm
Criterion Covered Total %
statement 3 10 30.0
branch 0 4 0.0
condition n/a
subroutine 1 4 25.0
pod 3 3 100.0
total 7 21 33.3


line stmt bran cond sub pod time code
1             package App::SimulateReads::Command::QualityDB::Restore;
2             # ABSTRACT: qualitydb subcommand class. Restore database.
3              
4 1     1   1243 use App::SimulateReads::Base 'class';
  1         2  
  1         6  
5              
6             extends 'App::SimulateReads::Command::QualityDB';
7              
8             our $VERSION = '0.06'; # VERSION
9              
10             override 'opt_spec' => sub {
11             super,
12             'verbose|v'
13             };
14              
15             sub validate_args {
16 0     0 1   my ($self, $args) = @_;
17 0 0         die "Too many arguments: '@$args'\n" if @$args;
18             }
19              
20       0 1   sub validate_opts {}
21              
22             sub execute {
23 0     0 1   my ($self, $opts, $args) = @_;
24 0 0         $LOG_VERBOSE = exists $opts->{verbose} ? $opts->{verbose} : 0;
25 0           log_msg "Restoring quality database to vendor state ...";
26 0           $self->restoredb;
27 0           log_msg "Done!";
28             }
29              
30             __END__
31              
32             =pod
33              
34             =encoding UTF-8
35              
36             =head1 NAME
37              
38             App::SimulateReads::Command::QualityDB::Restore - qualitydb subcommand class. Restore database.
39              
40             =head1 VERSION
41              
42             version 0.06
43              
44             =head1 SYNOPSIS
45              
46             simulate_reads qualitydb restore
47              
48             Options:
49             -h, --help brief help message
50             -M, --man full documentation
51             -v, --verbose print log messages
52              
53             =head1 DESCRIPTION
54              
55             B<simulate_reads> will read the given input file and do something
56             useful with the contents thereof.
57              
58             =head1 AUTHOR
59              
60             Thiago L. A. Miller <tmiller@mochsl.org.br>
61              
62             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
63              
64             This software is Copyright (c) 2017 by Teaching and Research Institute from Sírio-Libanês Hospital.
65              
66             This is free software, licensed under:
67              
68             The GNU General Public License, Version 3, June 2007
69              
70             =cut