File Coverage

blib/lib/OBO/Core/IDspace.pm
Criterion Covered Total %
statement 44 46 95.6
branch 20 28 71.4
condition 14 27 51.8
subroutine 9 9 100.0
pod 5 6 83.3
total 92 116 79.3


line stmt bran cond sub pod time code
1             # $Id: IDspace.pm 2011-09-29 erick.antezana $
2             #
3             # Module : IDspace.pm
4             # Purpose : A mapping between a "local" ID space and a "global" ID space.
5             # License : Copyright (c) 2006-2014 by Erick Antezana. All rights reserved.
6             # This program is free software; you can redistribute it and/or
7             # modify it under the same terms as Perl itself.
8             # Contact : Erick Antezana
9             #
10             package OBO::Core::IDspace;
11              
12 9     9   8910 use Carp;
  9         15  
  9         530  
13 9     9   42 use strict;
  9         10  
  9         246  
14 9     9   35 use warnings;
  9         10  
  9         4657  
15              
16             sub new {
17 19     19 0 118 my $class = shift;
18 19         26 my $self = {};
19              
20 19         38 $self->{LOCAL_IDSPACE} = ''; # required, scalar (1)
21 19         25 $self->{URI} = ''; # required, scalar (1)
22 19         22 $self->{DESCRIPTION} = undef; # optional scalar (0..1)
23            
24 19         29 bless ($self, $class);
25 19         37 return $self;
26             }
27              
28             =head2 local_idspace
29              
30             Usage - print $idspace->local_idspace() or $idspace->local_idspace($local_idspace)
31             Returns - the local ID space (string)
32             Args - the local ID space (string)
33             Function - gets/sets the local ID space
34            
35             =cut
36              
37             sub local_idspace {
38 10 100   10 1 29 if ($_[1]) {
39 5         16 $_[0]->{LOCAL_IDSPACE} = $_[1];
40             } else { # get-mode
41 5 50       17 croak 'The local ID space of this ID space is not defined.' if (!defined($_[0]->{LOCAL_IDSPACE}));
42             }
43 10         26 return $_[0]->{LOCAL_IDSPACE};
44             }
45              
46             =head2 uri
47              
48             Usage - print $idspace->uri() or $idspace->uri($uri)
49             Returns - the URI (string) of this ID space
50             Args - the URI (string) of this ID space
51             Function - gets/sets the URI of this ID space
52            
53             =cut
54              
55             sub uri {
56 7 100   7 1 17 if ($_[1]) {
57 5         11 $_[0]->{URI} = $_[1];
58             } else { # get-mode
59 2 50       7 croak 'The URI of this ID space is not defined.' if (!defined($_[0]->{URI}));
60             }
61 7         17 return $_[0]->{URI};
62             }
63              
64             =head2 description
65              
66             Usage - print $idspace->description() or $idspace->description($description)
67             Returns - the idspace description (string)
68             Args - the idspace description (string)
69             Function - gets/sets the idspace description
70            
71             =cut
72              
73             sub description {
74 7 100   7 1 16 if ($_[1]) {
75 5         8 $_[0]->{DESCRIPTION} = $_[1];
76             } else { # get-mode
77 2 50 33     12 croak 'Neither the local idspace nor the URI of this idspace is defined.' if (!defined($_[0]->{LOCAL_IDSPACE}) || !defined($_[0]->{URI}));
78             }
79 7         17 return $_[0]->{DESCRIPTION};
80             }
81              
82             =head2 as_string
83              
84             Usage - print $idspace->as_string()
85             Returns - returns this idspace (local_idspace uri "description") as string if it is defined; otherwise, undef
86             Args - none
87             Function - returns this idspace as string
88            
89             =cut
90              
91             sub as_string {
92 21 100 66 21 1 111 if ($_[1] && $_[2]){
93 12         32 $_[0]->{LOCAL_IDSPACE} = $_[1];
94 12         17 $_[0]->{URI} = $_[2];
95 12 50       27 $_[0]->{DESCRIPTION} = $_[3] if ($_[3]);
96 12         19 return; # set mode
97             } else {
98 9 50 33     56 croak 'Neither the local idspace nor the URI of this idspace is defined.' if (!defined($_[0]->{LOCAL_IDSPACE}) || !defined($_[0]->{URI}));
99 9         40 my $result = $_[0]->{LOCAL_IDSPACE}.' '.$_[0]->{URI};
100 9 100 66     78 $result .= ' "'.$_[0]->{DESCRIPTION}.'"' if (defined $_[0]->{DESCRIPTION} && $_[0]->{DESCRIPTION} ne '');
101 9 100       58 $result = '' if ($result =~ /^\s*$/);
102 9         47 return $result;
103             }
104             }
105              
106             =head2 equals
107              
108             Usage - print $idspace->equals($another_idspace)
109             Returns - either 1(true) or 0 (false)
110             Args - the idspace (OBO::Core::IDspace) to compare with
111             Function - tells whether this idspace is equal to the parameter
112            
113             =cut
114              
115             sub equals {
116 100 50 33 100 1 187 if ($_[1] && eval { $_[1]->isa('OBO::Core::IDspace') }) {
  100         343  
117            
118 100 50 33     285 croak 'Neither the local idspace or the URI of this idspace is defined.' if (!defined($_[0]->{LOCAL_IDSPACE}) || !defined($_[0]->{URI}));
119 100 50 33     246 croak 'Neither the local idspace or the URI of this idspace is defined.' if (!defined($_[1]->{LOCAL_IDSPACE}) || !defined($_[1]->{URI}));
120 100   100     440 my $result = ((defined $_[0]->{DESCRIPTION} && defined $_[1]->{DESCRIPTION}) && ($_[0]->{DESCRIPTION} eq $_[1]->{DESCRIPTION}));
121 100   66     440 return $result && (($_[0]->{LOCAL_IDSPACE} eq $_[1]->{LOCAL_IDSPACE}) &&
122             ($_[0]->{URI} eq $_[1]->{URI}));
123             } else {
124 0           croak "An unrecognized object type (not a OBO::Core::IDspace) was found: '", $_[1], "'";
125             }
126 0           return 0;
127             }
128              
129             1;
130              
131             __END__