File Coverage

lib/MS2/Header.pm
Criterion Covered Total %
statement 10 12 83.3
branch n/a
condition n/a
subroutine 4 4 100.0
pod n/a
total 14 16 87.5


line stmt bran cond sub pod time code
1             #
2             #===============================================================================
3             #
4             # FILE: Header.pm
5             #
6             # DESCRIPTION: Representativa class for MS2 file headers.
7             #
8             # FILES: ---
9             # BUGS: ---
10             # NOTES: ---
11             # AUTHOR: Felipe da Veiga Leprevost (Leprevost, F.V.), leprevost@cpan.org
12             # ORGANIZATION:
13             # VERSION: 1.0
14             # CREATED: 07-10-2014 10:53:06
15             # REVISION: ---
16             #===============================================================================
17              
18             package MS2::Header;
19              
20 1     1   2936 use strict;
  1         2  
  1         29  
21 1     1   4 use warnings;
  1         1  
  1         19  
22 1     1   7 use v5.12;
  1         2  
  1         30  
23 1     1   156 use Moose;
  0            
  0            
24             use namespace::autoclean;
25              
26             has 'CreationDate' => (
27             is => 'rw',
28             isa => 'Str',
29             );
30              
31             has 'Extractor' => (
32             is => 'rw',
33             isa => 'Str',
34             );
35              
36             has 'ExtractorVersion' => (
37             is => 'rw',
38             isa => 'Str',
39             );
40              
41             has 'Comments' => (
42             is => 'rw',
43             isa => 'Str',
44             );
45              
46             has 'ExtractorOptions' => (
47             is => 'rw',
48             isa => 'Str',
49             );
50              
51             has 'AcquisitionMethod' => (
52             is => 'rw',
53             isa => 'Str',
54             );
55              
56             has 'InstrumentType' => (
57             is => 'rw',
58             isa => 'Str',
59             );
60              
61             has 'ScanType' => (
62             is => 'rw',
63             isa => 'Str',
64             );
65              
66             has 'DataType' => (
67             is => 'rw',
68             isa => 'Str',
69             );
70              
71             has 'IsolationWindow' => (
72             is => 'rw',
73             isa => 'Any',
74             );
75              
76             has 'FirstScan' => (
77             is => 'rw',
78             isa => 'Str',
79             );
80              
81             has 'LastScan' => (
82             is => 'rw',
83             isa => 'Str',
84             );
85              
86              
87             sub parse {
88             my $self = shift;
89             my $line = shift;
90              
91             my @linepart = split(/\t/, $line);
92              
93             chomp $linepart[1];
94              
95             if ( $linepart[1] eq 'CreationDate' ) {
96              
97             $self->CreationDate($linepart[2]);
98              
99             } elsif ( $linepart[1] eq 'Extractor' ) {
100              
101             $self->Extractor($linepart[2]);
102              
103             } elsif ( $linepart[1] eq 'ExtractorVersion' ) {
104              
105             $self->ExtractorVersion($linepart[2]);
106              
107             } elsif ( $linepart[1] eq 'Comments' ) {
108              
109             $self->Comments($linepart[2]);
110              
111             } elsif ( $linepart[1] eq 'ExtractorOptions' ) {
112              
113             $self->ExtractorOptions($linepart[2]);
114              
115             } elsif ( $linepart[1] eq 'AcquisitionMethod' ) {
116              
117             $self->AcquisitionMethod($linepart[2]);
118              
119             } elsif ( $linepart[1] eq 'InstrumentType' ) {
120              
121             $self->InstrumentType($linepart[2]);
122              
123             } elsif ( $linepart[1] eq 'ScanType' ) {
124              
125             $self->ScanType($linepart[2]);
126              
127             } elsif ( $linepart[1] eq 'DataType' ) {
128              
129             $self->DataType($linepart[2]);
130              
131             } elsif ( $linepart[1] eq 'IsolationWindow' ) {
132              
133             $self->IsolationWindow($linepart[2]);
134              
135             } elsif ( $linepart[1] eq 'FirstScan' ) {
136              
137             $self->FirstScan($linepart[2]);
138              
139             } elsif ( $linepart[1] eq 'LastScan' ) {
140              
141             $self->LastScan($linepart[2]);
142              
143             } else {
144              
145             say "\nUnrecognized Tag: $linepart[1] ignored\n";
146             }
147              
148             }
149            
150              
151             1;