File Coverage

blib/lib/HackaMol/Roles/ReadXyzRole.pm
Criterion Covered Total %
statement 42 42 100.0
branch 18 18 100.0
condition n/a
subroutine 6 6 100.0
pod 1 1 100.0
total 67 67 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             $HackaMol::Roles::ReadXyzRole::VERSION = '0.052';
2             # ABSTRACT: Read files with molecular information
3             use Moose::Role;
4 11     11   6007 use Carp;
  11         29  
  11         90  
5 11     11   52072 use Math::Vector::Real;
  11         28  
  11         701  
6 11     11   72 use FileHandle;
  11         25  
  11         463  
7 11     11   69  
  11         18  
  11         100  
8              
9             #read xyz file and generate list of Atom objects
10             my $self = shift;
11             my $fh = shift;
12 13     13 1 32 # my $file = shift;
13 13         24 # my $fh = FileHandle->new("<$file") or croak "unable to open $file";
14              
15             my @atoms;
16             my ( $n, $t ) = ( 0, 0 );
17 13         20  
18 13         39 my $nat = undef;
19             while (<$fh>) {
20 13         26  
21 13         455 if (/^(\s*\d+\s*)$/) {
22             $n = (split)[0];
23 669 100       4171 if ( defined($nat) ) {
    100          
24 16         66 croak "number of atoms has changed\n" unless ( $nat == $n );
25 16 100       50 $t++;
26 5 100       29 }
27 4         7 $nat = $n;
28             $n = 0;
29 15         25 }
30 15         54 elsif (/(\w+|\d+)(\s+-*\d+\.\d+){3}/) {
31             my @stuff = split;
32             my $sym = $stuff[0];
33 638         1650 my $xyz = V( @stuff[ 1, 2, 3 ] );
34 638         919 if ( $t == 0 ) {
35 638         3108 if ( $sym =~ /\d/ ) {
36 638 100       1131 $atoms[$n] = HackaMol::Atom->new(
37 624 100       1155 name => "at$n",
38 12         302 Z => $sym,
39             coords => [$xyz]
40             );
41             }
42             else {
43             $atoms[$n] = HackaMol::Atom->new(
44             name => "at$n",
45 612         13949 symbol => $sym,
46             coords => [$xyz]
47             );
48             }
49             }
50             else {
51             if ( $sym =~ /\d/ ) {
52             croak "atoms have changed from last model to current: $t\n"
53 14 100       37 if ( $sym != $atoms[$n]->Z );
54 10 100       211 }
55             else {
56             croak "atoms have changed from last model to current: $t\n"
57             if ( $sym ne $atoms[$n]->symbol );
58 4 100       105 }
59             $atoms[$n]->set_coords( $t, $xyz );
60              
61 12         324 }
62             $n++;
63             }
64 636         3393 }
65              
66             # set iatom to track the array. diff from serial which refers to pdb
67             $atoms[$_]->iatom($_) foreach ( 0 .. $#atoms );
68             return (\@atoms);
69 10         379 }
70 10         69  
71             no Moose::Role;
72              
73 11     11   8510 1;
  11         37  
  11         76  
74              
75              
76             =pod
77              
78             =head1 NAME
79              
80             HackaMol::Roles::ReadXyzRole - Read files with molecular information
81              
82             =head1 VERSION
83              
84             version 0.052
85              
86             =head1 SYNOPSIS
87              
88             my @atoms = HackaMol->new
89             ->read_xyz_atoms("some.xyz");
90              
91             =head1 DESCRIPTION
92              
93             The HackaMol::Roles::ReadXyzRole provides read_xyz_atoms reading xyz files.
94              
95             =head1 METHODS
96              
97             =head2 read_xyz_atoms
98              
99             One argument: the filename
100             Returns a list of HackaMol::Atom objects.
101              
102             =head1 SEE ALSO
103              
104             =over 4
105              
106             =item *
107              
108             L<HackaMol>
109              
110             =item *
111              
112             L<HackaMol::Atom>
113              
114             =item *
115              
116             L<HackaMol::Roles::MolReadRole>
117              
118             =back
119              
120             =head1 AUTHOR
121              
122             Demian Riccardi <demianriccardi@gmail.com>
123              
124             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
125              
126             This software is copyright (c) 2017 by Demian Riccardi.
127              
128             This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
129             the same terms as the Perl 5 programming language system itself.
130              
131             =cut