File Coverage

blib/lib/GenOO/Data/File/FASTA/Record.pm
Criterion Covered Total %
statement 16 16 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 6 6 100.0
pod 0 2 0.0
total 22 24 91.6


line stmt bran cond sub pod time code
1             # POD documentation - main docs before the code
2              
3             =head1 NAME
4              
5             GenOO::Data::File::FASTA::Record - Object representing a record of a fasta file
6              
7             =head1 SYNOPSIS
8              
9             # Object representing a record of a fasta file
10              
11             # To initialize
12             my $record = GenOO::Data::File::FASTA::Record->new({
13             HEADER => undef,
14             SEQUENCE => undef,
15             });
16              
17              
18             =head1 DESCRIPTION
19              
20             This object represents a record of a fasta file and offers methods for accessing the different attributes.
21              
22             =head1 EXAMPLES
23            
24             my $sequence = $record->sequence();
25            
26             =cut
27              
28             # Let the code begin...
29              
30             package GenOO::Data::File::FASTA::Record;
31             $GenOO::Data::File::FASTA::Record::VERSION = '1.5.1';
32              
33             #######################################################################
34             ####################### Load External modules #####################
35             #######################################################################
36 1     1   5 use Modern::Perl;
  1         1  
  1         4  
37 1     1   86 use autodie;
  1         4143  
  1         7  
38 1     1   2801 use Moose;
  1         2  
  1         4  
39 1     1   4335 use namespace::autoclean;
  1         2  
  1         5  
40              
41              
42             #######################################################################
43             ####################### Interface attributes ######################
44             #######################################################################
45             has 'header' => (
46             isa => 'Str',
47             is => 'ro',
48             required => 1
49             );
50              
51             has 'sequence' => (
52             isa => 'Str',
53             is => 'ro',
54             required => 1
55             );
56              
57              
58             #######################################################################
59             ############################## BUILD ##############################
60             #######################################################################
61             around BUILDARGS => sub {
62             my ($orig, $class) = @_;
63            
64             my $argv_hash_ref = $class->$orig(@_);
65            
66             if (exists $argv_hash_ref->{header}) {
67             my $header = $argv_hash_ref->{header};
68             $header =~ s/^>//;
69             $argv_hash_ref->{header} = $header
70             }
71            
72             return $argv_hash_ref;
73             };
74              
75              
76             #######################################################################
77             ######################## Interface Methods ########################
78             #######################################################################
79             sub length {
80 2     2 0 791 my ($self) = @_;
81 2         73 return length($self->sequence);
82             }
83              
84             sub to_string {
85 2     2 0 887 my ($self) = @_;
86            
87 2         60 return join("\n",(
88             '>'.$self->header,
89             $self->sequence,
90             ));
91             }
92              
93             #######################################################################
94             ############################ Finalize #############################
95             #######################################################################
96             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
97              
98             1;