File Coverage

Bio/MolEvol/CodonModel.pm
Criterion Covered Total %
statement 1 1 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 1 1 100.0
pod 1 1 100.0
total 3 3 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             #
2             # BioPerl module for Bio::MolEvol::CodonModel
3             #
4             # Please direct questions and support issues to
5             #
6             # Cared for by Jason Stajich
7             #
8             # Copyright Jason Stajich
9             #
10             # You may distribute this module under the same terms as perl itself
11              
12             # POD documentation - main docs before the code
13              
14             =head1 NAME
15              
16             Bio::MolEvol::CodonModel - Codon Evolution Models
17              
18             =head1 SYNOPSIS
19              
20             use Bio::MolEvol::CodonModel;
21              
22             my $codon_path = Bio::MolEvol::CodonModel->codon_path;
23             my ($ns, $syn) = $codon_path->{'AATAAC'};
24             print "AAT -> AAC: $ns ns mutations, $syn syn mutations\n";
25              
26              
27             =head1 DESCRIPTION
28              
29             This object is intended to group Codon Evolution Models. Currently it
30             has one method codon_path that returns a hash reference representing
31             the number of mutations it takes to mutate from one codon to another.
32             Some more description of how this is generated will follow later.
33             Additional codon evolution models and substitution matricies could be
34             represented here as well. Some of this may not be optimally named so
35             this can change before the next stable release of the BioPerl code.
36              
37             =head1 FEEDBACK
38              
39             =head2 Mailing Lists
40              
41             User feedback is an integral part of the evolution of this and other
42             Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
43             the Bioperl mailing list. Your participation is much appreciated.
44              
45             bioperl-l@bioperl.org - General discussion
46             http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - About the mailing lists
47              
48             =head2 Support
49              
50             Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
51              
52             I
53              
54             rather than to the module maintainer directly. Many experienced and
55             reponsive experts will be able look at the problem and quickly
56             address it. Please include a thorough description of the problem
57             with code and data examples if at all possible.
58              
59             =head2 Reporting Bugs
60              
61             Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
62             of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via
63             the web:
64              
65             https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
66              
67             =head1 AUTHOR - Jason Stajich
68              
69             Email jason-at-bioperl-dot-org
70              
71             This is based on code and work from Alisha Holloway at UC Davis and Corbin
72             Jones at UNC-Chapel Hill. See Population Genomics: Whole-Genome Analysis of Polymorphism and Divergence in Drosophila simulans
73             http://dx.doi.org/http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0050310 and
74             http://www.dpgp.org/
75              
76             =head1 APPENDIX
77              
78             The rest of the documentation details each of the object methods.
79             Internal methods are usually preceded with a _
80              
81             =cut
82              
83             package Bio::MolEvol::CodonModel;
84              
85             =head2 codon_path
86              
87             Title : codon_path
88             Usage : return a matrix of edit paths between codons
89             Example : my $codon_path = Bio::MolEvol::CodonModel->codon_path;
90             Returns : Hash reference, the array values for each codon path are num of Nonsyn & syn changes respectively.
91             Args : none
92              
93              
94             =cut
95              
96             sub codon_path {
97             return {
98 6     6 1 15977 'AAAAAA' => [0,0],
99             'AAAAAC' => [1,0],
100             'AAAAAG' => [0,1],
101             'AAAAAT' => [1,0],
102             'AAAACA' => [1,0],
103             'AAAACC' => [1,1],
104             'AAAACG' => [1,1],
105             'AAAACT' => [1,1],
106             'AAAAGA' => [1,0],
107             'AAAAGC' => [2,0],
108             'AAAAGG' => [1,1],
109             'AAAAGT' => [2,0],
110             'AAAATA' => [1,0],
111             'AAAATC' => [1,1],
112             'AAAATG' => [1,1],
113             'AAAATT' => [1,1],
114             'AAACAA' => [1,0],
115             'AAACAC' => [2,0],
116             'AAACAG' => [1,1],
117             'AAACAT' => [2,0],
118             'AAACCA' => [2,0],
119             'AAACCC' => [2,1],
120             'AAACCG' => [2,1],
121             'AAACCT' => [2,1],
122             'AAACGA' => [1,1],
123             'AAACGC' => [1,2],
124             'AAACGG' => [1,2],
125             'AAACGT' => [1,2],
126             'AAACTA' => [2,0],
127             'AAACTC' => [2,1],
128             'AAACTG' => [2,1],
129             'AAACTT' => [2,1],
130             'AAAGAA' => [1,0],
131             'AAAGAC' => [2,0],
132             'AAAGAG' => [1,1],
133             'AAAGAT' => [2,0],
134             'AAAGCA' => [2,0],
135             'AAAGCC' => [2,1],
136             'AAAGCG' => [2,1],
137             'AAAGCT' => [2,1],
138             'AAAGGA' => [2,0],
139             'AAAGGC' => [2,1],
140             'AAAGGG' => [2,1],
141             'AAAGGT' => [2,1],
142             'AAAGTA' => [2,0],
143             'AAAGTC' => [2,1],
144             'AAAGTG' => [2,1],
145             'AAAGTT' => [2,1],
146             'AAATAC' => [2,0],
147             'AAATAT' => [2,0],
148             'AAATCA' => [2,0],
149             'AAATCC' => [2,1],
150             'AAATCG' => [2,1],
151             'AAATCT' => [2,1],
152             'AAATGC' => [3,0],
153             'AAATGG' => [2,1],
154             'AAATGT' => [3,0],
155             'AAATTA' => [2,0],
156             'AAATTC' => [2,1],
157             'AAATTG' => [2,1],
158             'AAATTT' => [2,1],
159             'AACAAA' => [1,0],
160             'AACAAC' => [0,0],
161             'AACAAG' => [1,0],
162             'AACAAT' => [0,1],
163             'AACACA' => [1,1],
164             'AACACC' => [1,0],
165             'AACACG' => [1,1],
166             'AACACT' => [1,1],
167             'AACAGA' => [2,0],
168             'AACAGC' => [1,0],
169             'AACAGG' => [2,0],
170             'AACAGT' => [1,1],
171             'AACATA' => [1,1],
172             'AACATC' => [1,0],
173             'AACATG' => [2,0],
174             'AACATT' => [1,1],
175             'AACCAA' => [2,0],
176             'AACCAC' => [1,0],
177             'AACCAG' => [2,0],
178             'AACCAT' => [1,1],
179             'AACCCA' => [2,1],
180             'AACCCC' => [2,0],
181             'AACCCG' => [2,1],
182             'AACCCT' => [2,1],
183             'AACCGA' => [2,1],
184             'AACCGC' => [2,0],
185             'AACCGG' => [2,1],
186             'AACCGT' => [2,1],
187             'AACCTA' => [2,1],
188             'AACCTC' => [2,0],
189             'AACCTG' => [2,1],
190             'AACCTT' => [2,1],
191             'AACGAA' => [2,0],
192             'AACGAC' => [1,0],
193             'AACGAG' => [2,0],
194             'AACGAT' => [1,1],
195             'AACGCA' => [2,1],
196             'AACGCC' => [2,0],
197             'AACGCG' => [2,1],
198             'AACGCT' => [2,1],
199             'AACGGA' => [2,1],
200             'AACGGC' => [2,0],
201             'AACGGG' => [2,1],
202             'AACGGT' => [2,1],
203             'AACGTA' => [2,1],
204             'AACGTC' => [2,0],
205             'AACGTG' => [2,1],
206             'AACGTT' => [2,1],
207             'AACTAC' => [1,0],
208             'AACTAT' => [1,1],
209             'AACTCA' => [2,1],
210             'AACTCC' => [2,0],
211             'AACTCG' => [2,1],
212             'AACTCT' => [2,1],
213             'AACTGC' => [2,0],
214             'AACTGG' => [3,0],
215             'AACTGT' => [2,1],
216             'AACTTA' => [2,1],
217             'AACTTC' => [2,0],
218             'AACTTG' => [3,0],
219             'AACTTT' => [2,1],
220             'AAGAAA' => [0,1],
221             'AAGAAC' => [1,0],
222             'AAGAAG' => [0,0],
223             'AAGAAT' => [1,0],
224             'AAGACA' => [1,1],
225             'AAGACC' => [1,1],
226             'AAGACG' => [1,0],
227             'AAGACT' => [1,1],
228             'AAGAGA' => [1,1],
229             'AAGAGC' => [2,0],
230             'AAGAGG' => [1,0],
231             'AAGAGT' => [2,0],
232             'AAGATA' => [1,1],
233             'AAGATC' => [2,0],
234             'AAGATG' => [1,0],
235             'AAGATT' => [2,0],
236             'AAGCAA' => [1,1],
237             'AAGCAC' => [2,0],
238             'AAGCAG' => [1,0],
239             'AAGCAT' => [2,0],
240             'AAGCCA' => [2,1],
241             'AAGCCC' => [2,1],
242             'AAGCCG' => [2,0],
243             'AAGCCT' => [2,1],
244             'AAGCGA' => [1,2],
245             'AAGCGC' => [1,2],
246             'AAGCGG' => [1,1],
247             'AAGCGT' => [1,2],
248             'AAGCTA' => [2,1],
249             'AAGCTC' => [2,1],
250             'AAGCTG' => [2,0],
251             'AAGCTT' => [2,1],
252             'AAGGAA' => [1,1],
253             'AAGGAC' => [2,0],
254             'AAGGAG' => [1,0],
255             'AAGGAT' => [2,0],
256             'AAGGCA' => [2,1],
257             'AAGGCC' => [2,1],
258             'AAGGCG' => [2,0],
259             'AAGGCT' => [2,1],
260             'AAGGGA' => [2,1],
261             'AAGGGC' => [2,1],
262             'AAGGGG' => [2,0],
263             'AAGGGT' => [2,1],
264             'AAGGTA' => [2,1],
265             'AAGGTC' => [2,1],
266             'AAGGTG' => [2,0],
267             'AAGGTT' => [2,1],
268             'AAGTAC' => [2,0],
269             'AAGTAT' => [2,0],
270             'AAGTCA' => [2,1],
271             'AAGTCC' => [2,1],
272             'AAGTCG' => [2,0],
273             'AAGTCT' => [2,1],
274             'AAGTGC' => [3,0],
275             'AAGTGG' => [2,0],
276             'AAGTGT' => [3,0],
277             'AAGTTA' => [2,1],
278             'AAGTTC' => [3,0],
279             'AAGTTG' => [2,0],
280             'AAGTTT' => [3,0],
281             'AATAAA' => [1,0],
282             'AATAAC' => [0,1],
283             'AATAAG' => [1,0],
284             'AATAAT' => [0,0],
285             'AATACA' => [1,1],
286             'AATACC' => [1,1],
287             'AATACG' => [1,1],
288             'AATACT' => [1,0],
289             'AATAGA' => [2,0],
290             'AATAGC' => [1,1],
291             'AATAGG' => [2,0],
292             'AATAGT' => [1,0],
293             'AATATA' => [1,1],
294             'AATATC' => [1,1],
295             'AATATG' => [2,0],
296             'AATATT' => [1,0],
297             'AATCAA' => [2,0],
298             'AATCAC' => [1,1],
299             'AATCAG' => [2,0],
300             'AATCAT' => [1,0],
301             'AATCCA' => [2,1],
302             'AATCCC' => [2,1],
303             'AATCCG' => [2,1],
304             'AATCCT' => [2,0],
305             'AATCGA' => [2,1],
306             'AATCGC' => [2,1],
307             'AATCGG' => [2,1],
308             'AATCGT' => [2,0],
309             'AATCTA' => [2,1],
310             'AATCTC' => [2,1],
311             'AATCTG' => [2,1],
312             'AATCTT' => [2,0],
313             'AATGAA' => [2,0],
314             'AATGAC' => [1,1],
315             'AATGAG' => [2,0],
316             'AATGAT' => [1,0],
317             'AATGCA' => [2,1],
318             'AATGCC' => [2,1],
319             'AATGCG' => [2,1],
320             'AATGCT' => [2,0],
321             'AATGGA' => [2,1],
322             'AATGGC' => [2,1],
323             'AATGGG' => [2,1],
324             'AATGGT' => [2,0],
325             'AATGTA' => [2,1],
326             'AATGTC' => [2,1],
327             'AATGTG' => [2,1],
328             'AATGTT' => [2,0],
329             'AATTAC' => [1,1],
330             'AATTAT' => [1,0],
331             'AATTCA' => [2,1],
332             'AATTCC' => [2,1],
333             'AATTCG' => [2,1],
334             'AATTCT' => [2,0],
335             'AATTGC' => [2,1],
336             'AATTGG' => [3,0],
337             'AATTGT' => [2,0],
338             'AATTTA' => [2,1],
339             'AATTTC' => [2,1],
340             'AATTTG' => [3,0],
341             'AATTTT' => [2,0],
342             'ACAAAA' => [1,0],
343             'ACAAAC' => [1,1],
344             'ACAAAG' => [1,1],
345             'ACAAAT' => [1,1],
346             'ACAACA' => [0,0],
347             'ACAACC' => [0,1],
348             'ACAACG' => [0,1],
349             'ACAACT' => [0,1],
350             'ACAAGA' => [1,0],
351             'ACAAGC' => [1,1],
352             'ACAAGG' => [1,1],
353             'ACAAGT' => [1,1],
354             'ACAATA' => [1,0],
355             'ACAATC' => [1,1],
356             'ACAATG' => [1,1],
357             'ACAATT' => [1,1],
358             'ACACAA' => [2,0],
359             'ACACAC' => [2,1],
360             'ACACAG' => [2,1],
361             'ACACAT' => [2,1],
362             'ACACCA' => [1,0],
363             'ACACCC' => [1,1],
364             'ACACCG' => [1,1],
365             'ACACCT' => [1,1],
366             'ACACGA' => [1,1],
367             'ACACGC' => [1,2],
368             'ACACGG' => [1,2],
369             'ACACGT' => [1,2],
370             'ACACTA' => [2,0],
371             'ACACTC' => [2,1],
372             'ACACTG' => [2,1],
373             'ACACTT' => [2,1],
374             'ACAGAA' => [2,0],
375             'ACAGAC' => [2,1],
376             'ACAGAG' => [2,1],
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