File Coverage

lib/Bio/Tradis/DetectTags.pm
Criterion Covered Total %
statement 13 18 72.2
branch 0 2 0.0
condition n/a
subroutine 4 4 100.0
pod 0 1 0.0
total 17 25 68.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Tradis::DetectTags;
2             $Bio::Tradis::DetectTags::VERSION = '1.3.3';
3             # ABSTRACT: Detect tr tags in BAM file
4              
5              
6 1     1   112590 use Moose;
  1         404544  
  1         8  
7             use Bio::Tradis::Parser::Bam
8              
9 1     1   7299 has 'bamfile' => ( is => 'ro', isa => 'Str', required => 1 );
  1         4  
  1         6  
10             has 'samtools_exec' => ( is => 'rw', isa => 'Str', default => 'samtools' );
11              
12             sub tags_present {
13 1     1 0 3 my ($self) = @_;
14 1         29 my $pars = Bio::Tradis::Parser::Bam->new( file => $self->bamfile, samtools_exec => $self->samtools_exec );
15 1         5 my $read_info = $pars->read_info;
16 1         6 $pars->next_read;
17 0           $read_info = $pars->read_info;
18 0 0         if(defined(${$read_info}{tr}))
  0            
19             {
20 0           return 1;
21             }
22             else
23             {
24 0           return 0;
25             }
26            
27             }
28              
29             __PACKAGE__->meta->make_immutable;
30 1     1   359 no Moose;
  1         2  
  1         6  
31             1;
32              
33             __END__
34              
35             =pod
36              
37             =encoding UTF-8
38              
39             =head1 NAME
40              
41             Bio::Tradis::DetectTags - Detect tr tags in BAM file
42              
43             =head1 VERSION
44              
45             version 1.3.3
46              
47             =head1 SYNOPSIS
48              
49             Detects presence of tr/tq tags in BAM files from Tradis analyses
50             use Bio::Tradis::DetectTags;
51              
52             my $pipeline = Bio::Tradis::DetectTags->new(bamfile => 'abc');
53             $pipeline->tags_present();
54              
55             =head1 NAME
56              
57             Bio::Tradis::DetectTags
58              
59             =head1 PARAMETERS
60              
61             =head2 Required
62              
63             C<bamfile> - path to/name of file to check
64              
65             =head1 METHODS
66              
67             C<tags_present> - returns true if TraDIS tags are detected in C<bamfile>
68              
69             =head1 AUTHOR
70              
71             Carla Cummins <path-help@sanger.ac.uk>
72              
73             =head1 COPYRIGHT AND LICENSE
74              
75             This software is Copyright (c) 2013 by Wellcome Trust Sanger Institute.
76              
77             This is free software, licensed under:
78              
79             The GNU General Public License, Version 3, June 2007
80              
81             =cut