File Coverage

blib/lib/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm
Criterion Covered Total %
statement 6 6 100.0
branch n/a
condition n/a
subroutine 2 2 100.0
pod n/a
total 8 8 100.0


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard;
2 13     13   91 use strict;
  13         24  
  13         336  
3 13     13   58 use base 'Bio::Phylo::Matrices::Datatype';
  13         23  
  13         1987  
4             our ( $LOOKUP, $MISSING, $GAP );
5              
6             =head1 NAME
7              
8             Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard - Validator subclass,
9             no serviceable parts inside
10              
11             =head1 DESCRIPTION
12              
13             The Bio::Phylo::Matrices::Datatype::* classes are used to validate data
14             contained by L<Bio::Phylo::Matrices::Matrix> and L<Bio::Phylo::Matrices::Datum>
15             objects.
16              
17             =cut
18              
19             # podinherit_insert_token
20              
21             =head1 SEE ALSO
22              
23             There is a mailing list at L<https://groups.google.com/forum/#!forum/bio-phylo>
24             for any user or developer questions and discussions.
25              
26             =over
27              
28             =item L<Bio::Phylo::Matrices::Datatype>
29              
30             This class subclasses L<Bio::Phylo::Matrices::Datatype>.
31              
32             =item L<Bio::Phylo::Manual>
33              
34             Also see the manual: L<Bio::Phylo::Manual> and L<http://rutgervos.blogspot.com>.
35              
36             =back
37              
38             =head1 CITATION
39              
40             If you use Bio::Phylo in published research, please cite it:
41              
42             B<Rutger A Vos>, B<Jason Caravas>, B<Klaas Hartmann>, B<Mark A Jensen>
43             and B<Chase Miller>, 2011. Bio::Phylo - phyloinformatic analysis using Perl.
44             I<BMC Bioinformatics> B<12>:63.
45             L<http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-63>
46              
47             =cut
48              
49             $LOOKUP = {
50             '0' => ['0'],
51             '1' => ['1'],
52             '2' => ['2'],
53             '3' => ['3'],
54             '4' => ['4'],
55             '5' => ['5'],
56             '6' => ['6'],
57             '7' => ['7'],
58             '8' => ['8'],
59             '9' => ['9'],
60             };
61             $MISSING = '?';
62             1;