File Coverage

lib/Bio/KEGG/API.pm
Criterion Covered Total %
statement 10 12 83.3
branch n/a
condition n/a
subroutine 4 4 100.0
pod n/a
total 14 16 87.5


line stmt bran cond sub pod time code
1             package Bio::KEGG::API;
2              
3 1     1   25902 use v5.12;
  1         4  
  1         43  
4 1     1   6 use strict;
  1         2  
  1         30  
5 1     1   5 use warnings;
  1         6  
  1         35  
6 1     1   2520 use Moose;
  0            
  0            
7             use namespace::autoclean;
8             use REST::Client;
9             use Net::FTP::Tiny qw(ftp_get);
10              
11             our $VERSION = '0.011';
12              
13             has 'client' => (
14             is => 'rw',
15             isa => 'REST::Client',
16             default => sub {
17             my $self = shift;
18             return my $obj = REST::Client->new({host=> "http://rest.kegg.jp", timeout => 30,});
19             }
20             );
21              
22             has 'operation' => (
23             is => 'rw',
24             isa => 'Str',
25             );
26              
27             has 'database' => (
28             is => 'rw',
29             isa => 'Str',
30             );
31              
32             has 'organism' => (
33             is => 'rw',
34             isa => 'Str',
35             );
36              
37              
38             sub database_info {
39             my $self = shift;
40             my %param = @_;
41              
42             $self->operation('/info/');
43             $self->database($param{'database'}) if defined $param{'database'};
44             $self->organism($param{'organism'}) if defined $param{'organism'};
45              
46             if ( $param{'database'} ) {
47            
48             $self->client->GET($self->operation.$param{'database'});
49              
50             } elsif ( $param{'organism'} ) {
51              
52             $self->client->GET($self->operation.$param{'organism'});
53             }
54              
55             return $self->client->responseContent;
56             }
57              
58              
59             sub entry_list {
60             my $self = shift;
61             my %param = @_;
62              
63             $self->operation('/list/');
64             $self->database($param{'database'}) if defined $param{'database'};
65             $self->organism($param{'organism'}) if defined $param{'organism'};
66              
67             if ( $param{'database'} && $param{'organism'} ) {
68            
69             $self->client->GET($self->operation.$param{'database'}."/".$param{'organism'});
70            
71             } elsif ( $param{'database'} ) {
72            
73             $self->client->GET($self->operation.$param{'database'});
74              
75             } elsif ( $param{'organism'} ) {
76              
77             $self->client->GET($self->operation.$param{'organism'});
78              
79             }
80              
81             my @result = split(/\n/, $self->client->responseContent);
82             return @result;
83              
84             }
85              
86              
87             sub data_search {
88             my $self = shift;
89             my %param = @_;
90              
91             $self->operation('/find/');
92              
93             $self->database($param{'database'}) if defined $param{'database'};
94             $self->organism($param{'organism'}) if defined $param{'organism'};
95             $self->organism($param{'query'}) if defined $param{'query'};
96              
97             if ( $param{'database'} && $param{'query'} ) {
98            
99             $self->client->GET($self->operation . $param{'database'} . "/" . $param{'query'});
100              
101             } elsif ( $param{'organism'} && $param{'query'}) {
102              
103             $self->client->GET($self->operation . $param{'organism'} . "/" . $param{'query'});
104              
105             } elsif ( $param{'database'} && $param{'organism'}) {
106            
107             $self->client->GET($self->operation.$param{'database'}."/".$param{'organism'});
108              
109             };
110              
111             my @result = split(/\n/, $self->client->responseContent);
112             return @result;
113              
114             }
115              
116              
117             sub id_convertion {
118             my $self = shift;
119             my %param = @_;
120              
121             $self->operation('/conv/');
122              
123             $self->database($param{'target'}) if defined $param{'target'};
124             $self->organism($param{'source'}) if defined $param{'source'};
125              
126             if ( $param{'target'} && $param{'source'} ) {
127            
128             $self->client->GET($self->operation.$param{'target'}."/".$param{'source'});
129              
130             }
131              
132             my @result = split(/\t/, $self->client->responseContent );
133              
134             for my $elem ( @result ) {
135            
136             $elem =~ s/\n/\t/g;
137             }
138              
139             return @result;
140              
141             }
142              
143              
144             sub data_retrieval {
145             my $self = shift;
146             my $param = @_;
147              
148             }
149              
150              
151             sub linked_entries {
152             my $self = shift;
153             my %param = @_;
154              
155             $self->operation('/link/');
156              
157             $self->database($param{'target'}) if defined $param{'target'};
158             $self->organism($param{'source'}) if defined $param{'source'};
159              
160             if ( $param{'target'} && $param{'source'} ) {
161            
162             $self->client->GET($self->operation.$param{'target'}."/".$param{'source'});
163              
164             }
165              
166             my @result = split(/\t/, $self->client->responseContent );
167              
168             for my $elem ( @result ) {
169            
170             $elem =~ s/\n/\t/g;
171             }
172              
173             return @result;
174              
175             }
176              
177              
178              
179             1;